Il museo è un magnifico spazio a volume unico con un salone rettangolare al piano terreno e sei gallerie a sbalzo sulle due pareti lunghe, collegate da rampe di scale formanti un percorso continuo.
Inaugurato il 7 Maggio 1971 e da allora sempre regolarmente aperto al pubblico, il Museo ha mantenuto il medesimo allestimento fino al Febbraio 1998.
Ricorrendo l’11 Aprile 1998 il centenario della scomparsa di Edoardo Chiossone, l’esposizione permanente è stata completamente rinnovata, dotando il percorso museografico di nuovi apparati didattici e illustrativi.
Questo nuovo percorso museografico illustra i principali fenomeni della storia della cultura artistica del Giappone e i suoi rapporti con l’Asia Orientale Continentale. Considerata la loro grande bellezza ed efficacia comunicativa e culturale, sono rimasti pressoché immutati gli allestimenti espositivi della grande scultura buddhista e delle armature, situati rispettivamente nel salone principale al piano terreno e nella quinta galleria.
Nel 2001, grazie al contributo finalizzato della Fondazione Cassa di Risparmio di Genova e Imperia, sono state ristrutturate e allestite con innovativi impianti espositivi le due gallerie ai piani superiori, destinate ad ospitare mostre temporanee ed esposizioni a rotazione del patrimonio museale.
